Se você importou as transações do Hotmart, aprovou a operação e as NFs foram criadas com sucesso, nenhuma importação futura - mesmo contendo essas mesmas transações - irá recriar essas mesmas NFs caso você as remova.
Por exemplo:
1- Você importou 2 transações que passaram da garantia e suas respectivas NFs foram criadas automaticamente.
2- Você percebeu que o imposto foi calculado errado devido as configurações de sua empresa estarem erradas
3- Você exclui as NFs e tenta reimportar as mesmas 2 transações
4- As NFs não serão geradas mais porque o eNotas marcou as 2 transações como "NFs já geradas" para evitar potenciais duplicidades
Nesses casos sugerimos que você edite as NFs pela própria interface visual do eNotas, ou se caso forem muitas NFs (mais de 15-20) entre em contato conosco para podermos tentar ajudá-lo.