Antes de mais nada, o seu contador geralmente consegue obter a sua relação de notas fiscais emitidas através do próprio site da prefeitura, mas independente disso o eNotas permite que você se comunique eficientemente com seu contador de várias formas, veja:
1 - Planilha Excel
Você pode exportar toda a relação de notas fiscais para uma planilha Excel, incluindo/excluindo os dados que desejar, é muito simples.
Ao exportar a planilha o eNotas respeitará até a ordem das colunas do grid (lista) de notas, e em seguida basta você encaminhar esse arquivo para o seu contador.
Filtre as notas que deseja exportar e clique em Exportar para Excel, veja aqui como fazer isso.
2 - Envio por E-mail
Você pode inserir o e-mail de seu contador dentro das configurações de envio de e-mail do eNotas para que cada NF seja enviada por e-mail ao contador quando você quiser.
3 - ZIP com PDF e/ou XML de todas as notas
Filtre as notas que deseja e clique em "Baixar PDF" e/ou "Baixar XML", assim o eNotas gerará um arquivo compressado (ZIP) com todos os PDFs e XML das notas selecionadas.
Vale lembrar que esse arquivo estará disponível no menu "Downloads de PDF/XML", logo que o processo concluir sua execução.
Veja nesse vídeo como utilizar essas funcionalidades.