Sim.
Se desejar, você pode criar notas fiscais manualmente e enviar as notas todas de uma vez, inclusive em conjunto com as notas geradas automaticamente pela integração com o Hotmart.
Um bom exemplo disso são as notas que você deve enviar as empresas que lhe remunere por cada indicação de venda (HostGator, Submarino, etc.) ou exibição de anúncios (Google AdSense) em seus sites.
O eNotas é a sua solução centralizada de emissão de nota fiscal de serviço eletrônica para todos os cenários, inclusive, você pode integrar o eNotas com qualquer sistema (incluindo outros meios de pagamento) utilizando sua API (disponível no plano anual).