Claro, se sua prefeitura realmente não exige o uso de certificado digital o eNotas irá funcionar sem também.
Fique ciente que algumas prefeituras não exigem o uso do certificado digital apenas para emissões manuais através do site da própria prefeitura, entretanto, para emissões automáticas/em volume ele pode se tornar obrigatório.
Em caso de dúvida não hesite em fazer contato conosco.